Por la naturaleza polifacética de su labor, Fernando Benítez se vio llevado a formar un acervo propio de apoyo a su intenso y cotidiano quehacer profesional, tanto como para su recreo intelectual. Con los numerosos libros, revistas y publicaciones que fue reuniendo a lo largo de los años y que dejaría en su casa de Coyoacán, en la ciudad de México, fue dando forma a una importante biblioteca personal, reflejo puntual de sus intereses, sus pasiones, sus fuentes intelectuales, su perfil como creador y el mundo cultural en el que se desarrolló. Independientemente del valor patrimonial o bibliográfico de su contenido, esta biblioteca es testimonio fiel y único de su creador y poseedor, que se añade al que representan sus propias obras y sus aportaciones directas a la cultura mexicana del siglo XX, ampliamente reconocidas y significativas.

La biblioteca de Fernando Benítez es la biblioteca de un lector profuso, de un amante de la historia y las cosas de México, antes que de un académico, un especialista, un bibliógrafo o un coleccionista. Es la biblioteca de quien concebía a los libros dentro del espacio doméstico y de trabajo personal como un recurso utilitario en el mejor de los sentidos, antes que como objetos de museo. En tal sentido, se trata de una biblioteca de trabajo o una biblioteca personal, tal como Benítez concebía las bibliotecas individuales. Fernando Benítez desconfiaba de las bibliotecas que excedían las necesidades y las posibilidades de lectura del individuo. De su amigo Juan Rulfo decía: “Me parece que tenía pocos libros en relación a algunos de mis bestiales amigos que tienen 30,000 o 40,000 libros. Él tendría 2,000 o 3,000 libros, pero sumamente escogidos; por ejemplo, cuando se trataba de las crónicas religiosas de la Colonia, Rulfo tenía todas las crónicas y las leía, porque le importaba mucho la literatura colonial y sobre todo la escritura de las crónicas”. Algo semejante podría decirse del propio Benítez. En gran parte, su biblioteca, que se compone de poco más de 9,000 volúmenes, se concentra en los temas que más le interesaban y sobre los que escribió, y si bien es de una dimensión considerable, está más cerca de la escala humana del lector individual que las de otros grandes intelectuales mexicanos.

A esta biblioteca se añade el archivo personal de Fernando Benítez. La documentación relacionada con su vida (correspondencia, documentos personales, fotografías, recortes periodísticos) y con su obra (manuscritos, originales de sus obras, cuadernos de trabajo, notas) forma también un acervo abundante y de gran interés para el conocimiento de su trayectoria.

Finalmente, entre los acervos que dejó Fernando Benítez se cuenta otro igualmente relacionado con sus intereses y su trabajo: la colección de arte mexicano que reunió a lo largo del tiempo. Las piezas que la integran parecieran el exacto paralelo del gran mosaico de estudios que Benítez dedicó al México indígena. Son ejemplos representativos de las diversas culturas y épocas del México prehispánico y de algún modo pueden ser vistos como ilustraciones de los libros y las reflexiones del escritor